Azərbaycan Dövlət Su Ehtiyatları Agentliyi yanında Suların İstifadəsinə və Mühafizəsinə Dövlət Nəzarəti Xidmətinin tabeliyində olan Mərkəzi Laboratoriya 6 sentyabr 2013-cü ildə Cənab Prezident İlham Əliyevin iştirakı ilə açılmışdır. Mərkəzi Laboratoriyanın fəaliyyəti İSO 17025 standartına əsasən qurulmuşdur. Laboratoriyada təsdiq edilmiş plan-qrafikə əsasən İSO 5667 standartına uyğun olaraq yerüstü, yeraltı su obyektlərindən, tullantı su təmizləyici qurğularından, dənizdən və s. götürülmüş nümunələrin mikrobioloji, fiziki-kimyəvi, ekotoksikoloji analizləri yerinə yetirilir.
Analizlər AZS 929-2023, AZS 983-2025, AZS 984-2025, AZS 985-2025 standartlarının tələblərinə uyğun olaraq aparılır. Ümumi sahəsi 1800 kvadratmetr olan bina içməli su və tullantı suları bölmələrindən ibarətdir. İçməli su və tullantı suları bölmələrinin hər birində mikrobioloji və fiziki-kimyəvi analiz şöbələri yerləşir. Laboratoriyada Almaniya, Fransa, ABŞ, Yaponiya və digər ölkələrin beynəlxalq səviyyədə tanınmış şirkətlərinin avadanlıqları və cihazları quraşdırılmışdır. Bu cihaz və avadanlıqların köməyi ilə içməli su və tullantı sularının fiziki-kimyəvi və bakterioloji göstəricilərini təyin etmək, operativ, dəqiq və etibarlı analizlər aparmaq mümkündür. Regionun ən müasir laboratoriyasında quraşdırılmış ICP- cihazı vasitəsilə insan orqanizmi üçün olduqca təhlükəli sayılan toksik xarakterli ağır və digər metalların tam dəqiq, başqa sözlə, nano və pikoqram dəqiqliklə miqdarı təyin olunur. Bu zaman məhlul 10 min dərəcə selsiyədək qızdırılır və plazma halına salınaraq tərkibindəki metallar öyrənilir. Yeni alınmış yüksək həssaslıqlı maye və qaz xromatoqraf cihazları kənd təsərrüfatında istifadə olunan və kanserogen təsirə malik üzvi maddələrin sudakı qalıqlarını təyin edir. İnsan sağlamlığı üçün zərərli sayılan anion və kationlar isə ion-xromatoqraf cihazında analiz edilir. TOC cihazında üzvi maddələrin tərkibində olan karbon öyrənilir.
Laboratoriyanın mikrobioloji analizlər otağında təhlükəli bakteriyalar təyin olunur və bu analizlər xüsusi bioloji qoruyucu kabinetlərdə aparılır. Laboratoriyanın tullantı suları bölməsində həm fiziki, həm də kimyəvi analizlər aparılır. Burada sənaye müəssisələrində yaranan tullantı sularının çirklənmə səviyyəsini müəyyən etmək, təmizlənmiş tullantı sularının, həmçinin onların axıdıldığı hövzələrdə suyun tərkibini izləmək imkanları var. Yeni laboratoriya qurularkən respublikanın regionlarında istənilən ərazidə və şəraitdə analizlərin aparılması imkanları da təmin edilmişdir. Bu məqsədlə səyyar laboratoriya kimi fəaliyyət göstərən 6 xüsusi təyinatlı nəqliyyat vasitəsi alınmışdır. Hazırda səyyar laboratoriyalar vasitəsilə rayon mərkəzləri və kəndlərdə su nümunələrinin toplanması işləri aparılaraq, laboratoriya binasında içməli su üzrə 69 sayda, tullantı su üzrə isə 59 sayda fiziki-kimyəvi və bakterioloji göstəriciləri üzrə analizlərin icrası mümkündür. Mərkəzi Laboratoriya 2014-2024-cü illərərdə beynəlxalq akkreditasiyadan keçirilməsi məqsədi ilə Latviya Dövlət Akkreditasiya Qurumu (LATAK) tərəfindən, cari ildən isə Azərbaycan Akkreditasiya Mərkəzi (AZAK) tərəfindən beynəlxalq standartlara uyğunluğunu yoxlanılıb.